Jean-Christophe Marti a été formé au CNR de Boulogne Billancourt (clarinette, musique de chambre, écriture) et au CNSM de Paris (esthétique, histoire). Il étudie également la direction d'orchestre pendant plusieurs années auprès de Jean-Claude Hartemann à Paris et au Mozarteum de Salzburg, avant de se consacrer à la composition sous les auspices, entre autres, de Clément Janequin, de Marguerite Duras et du satyre Marsyas.
Son goût pour les textes littéraires l'amène alors à écrire de nombreuses œuvres vocales ou scéniques, qui lui ont été commandées notamment par Musicatreize (Le Grand dépaysement d’Alexandre le Grand, conte musical pour 12 voix, percussion et 2 comédiens jouant en langue des signes, créé scéniquement en 2009 à l ‘Abbaye de Fontevraud, Livre-CD paru chez Actes Sud ; Cris de Nancy 2008, Déméture sur déméture, L’An un) Laurence Equilbey (Bar iona), Les Arts Florissants (And all the lives), Les Cris de Paris (Psaume 74), Chœur en scène (Singulièrement), la fondation Nadia et Lili Boulanger (Marelle ou mélodie pour la finale du Concours international chant-piano 2009). Il reçoit le Prix Maurice Ohana-Sacem avec The Last words Virginia Woolf wrote pour 12 voix, est lauréat de la Fondation Natexis et de la bourse Beaumarchais/SACD pour le projet Miniane/L’été 39.
Il écrit aussi des pièces orchestrales (H aspiré pour l’Orchestre Philharmonique de Halle, Festival Händel 2003, Oïkouménè pour l’Orchestre des Jeunes de la Méditerranée) et crée des spectacles musicaux singuliers, tels que L'Album de l'oiseau qui parlait  et Timsongs d’après des dessins de Tim Burton, créé à la Cité de la musique à Paris
Il envisage son travail au croisement du spectacle vivant, du cinéma de création, de recherches intellectuelles buissonnières et précises (ethnographie, sciences humaines, engagements citoyens), de performances et d’interventions pédagogiques nomades ou occasionnelles.
Au théâtre, il a collaboré avec les metteurs en scène Stéphane Olry (Revue Eclair), Vincent Lacoste, Jean-Yves Ruf, Arthur Nauzyciel, Emilie Valantin, Olivier Werner, Eric Ruf, Christian Rist. Pour des documentaires de création, avec Ginette Lavigne, François Caillat, Florence Pezon, Samuel Poisson-Quinton.
Il réalise des performances publiques à partir de ses partitions (par exemple au Plateau-Frac Ile de France en 2009), mène des ateliers et des session pédagogiques pour des publics variés (en 2009 : Alcazar à Marseille, Ghardaïa en Algérie…)
De 2001 à 2004, il a été chargé de cours à Sciences-Po Paris sur le thème «Temps politique et temps musical », et a collaboré en 2006 avec les éditions Les Prairies ordinaires, publiant des entretiens avec l’historienne Arlette Farge (Quel bruit ferons-nous ?), l’anthropologue Véronique Nahoum-Grappe (Promenades politiques), et de nombreux articles d’analyse ou de textes sur sa pratique (Duras et la musique, Cahiers de l’Herne Duras 2006, Avant-scène Opéra, Manifeste Pour un départ vers singularités en 2009, etc.)